请问公司的绩效考核与部门的绩效考核如何算？

我公司是手工生产仪器的小公司，现在引入KPI绩效考核，有关产品制程直通率及成品出货合格率的KPI，我们品质部是将来料不良，制程装配不良，研发设计类不良等算在一起，这样的成绩很不理想，生产，PMC/采购提议：部门的直通率不能这样算：如某个月共有20台仪器，来料不良引起的有2台，装配引起的不良有3台，则采购的KPI为：（20-2）/20100%，生产的KPI为：（20-3）/20100%，这样的话公司的总KPI其实为：（20-2-3）/20*100%。我们部门（品质部）的KPI怎么算呢？这样算那公司最后的KPI低，而各部门的KPI就高了。我们公司很多体制都不健全，这样的KPI我认为是没有什么意思的，但上层需要这样做只能积极配合了。现在这些搞得我们部门都糊涂了，请各位高人指点，谢谢！