质量手册、程序文件大范围变更

两厂质量体系文件不同，一厂已经通过ISO 9001：2008质量管理体系认证正在准备年度审核，一厂现在正在准备申请认证（总部）；但目前总部主管要求将已经通过认证公司的质量管理体系文件修改与总部正准备申请的保持统一、一致；二者质量手册，程序文件差别很大；若修改成一致，质量手册等将成一份新的质量手册，其二者内容形式区别很大，已经通过认证的按标准四大过程进行编制，一份按各部门职能进行编制，因此不知道怎么进行修改变更，怎么修改避免ISO年审时出现问题！其认证范围，生产产品都一样！变动较大，新手请教各位高手前辈，请不吝赐教！