这个内审结论应该怎么下？

在今年的公司内审中，发现公司管理体系的文件管理混乱，文件发放没记录，作废的文件没有收回；修订的文件经没有审批并重新发布，这已是普遍现象；公司的管理体系手册现在已是第三版了，但在车间审核时竟然发现三个版的手册都存放在一起。因为存在上述问题，开具了一项严重不符合报告。想问一下各位朋友：这样开合理吗？如果开出严重不符合报告，那审核结论还能认为体系运行有效吗？