新成立的上级公司的没有体系，要绑在下级公司的现有体系里一起通过认证，如何操作？

我们是家外企，本来在中国有几个独立的分公司，分公司都建立了独立的体系。但现在又成立了总部，由于总部没有经营执照，所以想和一个分总司绑在一起通过质量体系认证，要如何操作才好？
总部的程序文件还在写，级别比分公司的程序文件级别高，里面还包含了对所有分公司的要求，分公司的程序文件要跟着总部的文件改，但是分公司原来的质量手册却不打算改，组织结构还是分公司的组织结构，过程的划分也是分公司的过程，最高管理者是谁，管代是谁都没有确定，这样一来总部的文件会和分公司的体系文件冲突。请教各位高手有没有好一点的解决办法？