同一公司内是否可以存在两套程序文件？？

**各位，

公司最近发展了一个新顾客（大客户），下一步公司的重点发展方向。该客户要求我们在现有ISO 9001质量管理体系的基础上建立一整套适用于他们的体系文件。请问应如何操作？是否可以对现有的二、三层文件进行换版，且换版后的体系文件之用于该客户？非常感谢！！**