关于公司管理制度和质量体系文件的问题

随着公司的扩大,在逐步完善公司制度,期间也包括质量管理制度,但是感觉和体系文件有很多重合的地方,导致现在比较迷茫,不知道如何去整合,希望各位能说说自己单位的情况,借鉴一下,谢谢.
还有关于质量体系文控这方面的，主要管理的文件、记录应该包括那些范畴，技术类的作业指导书也属于三层次文件么，也应该给上受控号么。疑惑阿……