内审不合格项开多少不影响外审?

我们公司准备本月作中国环境标志认证（CEC/十环认证），9月中旬作TUV质量和环境双体系认证，都是三年复评换证认证。

但我们公司分好三个厂区,但都挂一个公司名义来作外审,刚内审完,现有个问题想请教高手:

公司同一性质部门分一、二、三甚至四部，这样加起来的问题就多了，我到底要怎样来开不合格项呢？还是要照实来开？我想只开部份，另一个部分我们在暗中作相应记录同样实施改善措施，只是不给认证公司看，这样行吗？