求助：公司和工厂，能一起做质量体系吗？

背景：
我们公司，业务是贸易。有一个下属工厂是做生产加工的。

现在公司和工厂计划做ISO9000质量体系认证。

问题：
公司和工厂，能一起做ISO9000质量体系认证吗？
如果可以，主要需要注意什么问题？

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补充说明：

我们公司，下面已经有一个合资工厂，现在刚刚建立一个独资工厂。
公司：主要做贸易(50%产品外包加工，50%产品由合资工厂加工)。
合资工厂：目前已经通过ISO9000质量体系认证。
独资工厂：希望导入ISO9000质量体系认证。
公司与独资工厂，能一起做吗？
如何操作，比较好？