新公司品质管理体系整合要怎么做？

最近刚到一家新公司。虽然成立10年之久，但质量管理仍然是乱成一团糟。从程序文件到表单记录，无论是内容还是实际作业都相互矛盾，据说是从其他公司原版拷过来的。公司主要是做小批量的产品，大多数出往日本，奇怪的是那么乱竟然质量和环境管理体系认证都通过了。更奇怪的是公司做出来的产品还是挺好的，而且日本客户对于产品品质评价还过得去，上次日本客户验厂提出了5页的不符合点。

公司员工总共才50人左右，管理人员10多人，每个人身兼数职，品管兼人事，财务兼文管。导致大家忙忙碌碌的一团糟。总经理面试的时候说，目前公司已经开发了日本的一个大客户的，面临着转型，但是体系和管理的混乱，一直是他心腹大患，想让我协助一起改善。不光是质量体系，还包括各方面的流程和制度，给予厚望。三个月之后又有一个日本客户过来验厂，说是也是日本的大客户之一。要我在三个月的时间呢，把整个体系和管理系统进行大方面的规划和改革，这无疑对我来说是一个挑战。

这家公司好的地方是，员工的品质意识还是非常强的，要想在短时间内有所改善和初见成效，谈何容易啊，各位高手有没有好的建议可以和兄弟一起分享。目前已上班一周，正在统一整理体系文件。