请教:当实际作业与iso有冲突时怎么办?

我公司为一家加工厂，已经通过iso9000-2000,体系在运转时候发现下面问题,请各位指教:1.由于客户交期非常紧(经常是下午来料第二天早上交货,因此作业的时候经常都来不及做作业指导书,更别谈发行文件了,通常都是依据客户提供的样品进行生产的安排,如此我公司在外部评审时如查到此点算缺失吗?
2.还是同样的问题,文件在发行后第二次做产品时,有时客户会要求有些小的变动,同样还是没有时间去对作业指导书做修订,而且客户经常有如此情况的变更,如果我采用让生产线直接在作业指导书上做修订并签名,如此生产线的作业指导书便与我文管中心的文件又不一致了,如此外部评审上能讲的过去吗?
请各位大虾发表一下看法....