包装数量不足或者与合格证不符怎么办

我司生产发泡材料，种类繁多，形状各异，包装数量根据客户要求，全部手工点数和包装。包装就是全检环节，有一名专门抽检包装数量和合格证不符的巡检。但是这类投诉还是屡有发生，不知道该如何控制？（产品包装前会根据流程单打印合格证，核对尺寸，但是依然有混装合格证，数量不足，合格证与实物不符）。