各位，请教这样的文件系统该如何管控！？

刚到了一家新建的公司，目前的生产是有关元器件的生产、测试包装！
公司的前身比较乱！
研发和生产在美国的总部，那里有一套质量体系文件、程序文件、作业指导书。
这些文件都是受控的。
原来的测试包装部分在墨西格工厂，他们也有自己的一套质量体系文件、程序文件、作业指导书。这些文件要求与墨西格一致，单不是受控的！
现在整个都要转到现在的在国内的公司来。
所以文件都转过来了，我们这边还没有建立质量体系！

我的问题是：
如果管理这两大类文件？这些文件的编号，格式都不一致。如何统一进行管理？
请高手指点！
是建立自己的文件体系对这些文件进行引用，还是？？？