工厂搬迁、合并，换证的麻烦事儿

在惠州有一新的工厂，目前体系运作已一年有余。职能部门不太全，只有部分生产部门、人力资源、仓库，负责体系的，简陋的工程和品质，像其它的采购、研发、财务、关务等是没有的。也只是生产我们老公司的成品中的部分零部件而已，没有生产过成品。
深圳有一老工厂，现在陆续在往惠州搬迁。
应客户要求，我们惠州的新厂需要在这个月拿到ISO9000的证书，否则他们不会去审核我们的新工厂，不去审核新工厂，新工厂就不能生产，不能出货。所以，我们打算在1月份的时候临时组一条成品生产流水线。物料、设备由旧厂提供。
新工厂同旧工厂不同厂名。新工厂所用的一、二阶文件和旧工厂的是一致的，只是工厂名称不同，内容相同。
想请问一下：
1、在1月份审核新工厂的时候，新工厂职能部门肯定是不全的。也就是说，有些过程，比如说采购，还是在旧工厂这边进行。但是，我的新工厂的手册和程序文件中有有包含这些过程，这样有问题吗？
2、新工厂审核时的质量管理体系组织架构图要包含那些没有搬过去的部门吗（采购、研发、关务。。。）？
3、我的手册和程序文件中还有说明一些其它体系的要求，如ISO13485\QSR820等，但这些要求目前在新工厂这边执行的不好，这样会影响ISO9000的认证吗？
各位路过的大侠，多多指教~