请教PCB检测问题 来料和过程质控

正在建立体系，催得很紧。
产品比较高端，精密，量少。大致工艺流程：PCB焊接，与其它五金和光路系统组件的装配，包装。
IQC分类（各种元器件，五金机加件和标准件及包材）检验。
过程控制方面，我在各工序指导书后都附有质量要求，采用自检方式，不产生半成品，全部都由生产人员在生产线上检测，生产人员均经过质量检测培训。成品的检测放在包装之前，也放在生产线上。
本人初涉电子行业，上面流程有什么不妥，麻烦提出，非常感谢！
现在的问题是：
1、公司编写的程序软件是当作原材料吗？如果那样，芯片检验怎么操作？
2、焊接工序的操作指导书有必要吗？一块板子上有几百个元器件，设备一共有10来块板子，研发部门认为指导书没法写(暂时公司没有生产部，生产任务由研发人员代替)；
3、板子的测试问题，我把其分为外观检验和程序测试，外观就是焊接问题了，如虚焊 漏焊等了，在生产线上完成，程序测试放在成品调试过程还是也一起在生产线上完成呢？另外板子上的几个芯片的检测能否也放在这个过程表现？ 这个我觉得很乱，求高手指导。
4、还有一个头大的问题，公司另一个研发中心在北京大学某课题组，我们某一个产品PCB全部来自那。这些板子的元器件我们不用管，也就不需要IQC了，但如果那样板子就必须按照来料检测，可行吗？对供应商(其实这也不是供应商，教育机构的一个课题组，没有任何企业资质)需要有什么要求吗？如果这样，供应商管理这一块就没有办法完成。如何操作比较好？

再次感谢！！