一个公司下面，有两个独立的分厂，怎么做ISO

大家探讨一下：
我目前在一家民营企业做管代，公司有两个分厂（名义上我是在第一个分厂做管代，但老板希望我两个厂的体系做要做）。其中一个是老板一人独资，另一个是与人合股，但是老板在两个厂都有最大股份。虽然两个厂间有业务往来，如第一个厂供给第二个厂配件，第二个厂帮助第一个厂进行产品试验与验证，两个厂基本上相互独立。都有各自的品质部门，生产部门，设计开发部门甚至财务部门。目前两个厂的ISO体系文件都写在一起，一片混乱（不过居然认证通过了）。在这种情况下，ISO应该如何推行？是两个厂分开做ISO呢？还是照以前一个，做到一起，只是对之前不合理的部分做调整？（估计调整难度很大）。
大家有什么好建议，提一下啦，先行谢过了。