SGS审核--9000认证能保证过吗？

今天9000认证竞价招标，SGS中标了。它的价格和服务我们都很认可。但是和客户经理沟通了一下，他们对9000没有包过的承诺。需要看情况，这下老大就有点犹豫了，感觉有点风险。我们公司没有设计、研发、市场。只是简单的制造。体系运行二三年了，但是我刚刚接触这块，知道不是很多，并且很多程序文件我这边不受控。有些东西比较乱（其中就没有有效质量追溯体系）。想请问大侠们这样SGS审核有问题吗？不会审完整改不到位拿不到证书吧？这样的话就只能换另一家了。