3C认证程序文件和TS程序文件可以全部合并吗？

我们公司目前在做TS-16949推行程序文件编写，但去年已通过了3C认证，因之前3C认证时公司很多程序文件不全以及大多数程序文件都是临时应付的，我想这次TS文件编写时一起合并了，这样不会造成文件混乱。请大家帮我出出主意，是合并好，还是不合并好。特别想知道有做过3C认证的同行帮帮手！
Thank! ：） ^_^