求教：7.3设计和开发的审核难题

我们公司08年5月通过ＩＳＯ９００１和ＱＣ０８００００双体系认证，从事电子类产品。
研发部于08年初成立，认证时研发部未纳入体系审核。
但去年存在设计和开发的动作，今年也有研发产品正在生产。
从０８年１１月份起开始将研发导入体系，一直在准备资料接收５月份的监督审核。昨天接到公司指令，不必为了赶进度而将研发纳入体系接收今年的监督审核。
问题：已经存在设计和开发动作，但不打算将研发部提报监督审核，外审时该注意哪些问题？