修改质量体系文件

公司是04年通过审核的，做体系的换了好几个了，今年复审也通过了，部门架构有了变动，实际操作也大都没有按照体系文件执行，我刚进公司，想先着手修改文件，请教各位，从原有的文件作相应的（与实际操作相同）改动是否可行？我以前没有独立做过体系，所以一时没什么主意，请教有没有什么好的办法？