这样的情况影响认证吗？

我们公司是少量多样的生产模式，因此在供应商的管理方面很糟糕，现在引进了TS16949，准备在年底认证，但在采购环节有以下情况，让我很担忧：
一、供应商的交期80%延后于预定交期，（采购订单与送货单记录统计）
二、其中有一种原料，其外观检验不良非常高，一般每次单我们只需要几个，而每次都有那么一两个，甚至全部不符合我们的要求，但这家供应商配合度很好，价格也适中，公司现在也没找到更好的供应商，虽然经过我们处理后可以满足顾客的要求，但不良联络单非常的多。
针对这种情况，希望大家给我出出主意，该怎么办才好。
另外是不是只要没有顾客没意见也可以通过认证？