哥们郁闷死了,到底谁的意见为主?

在制定9001标准的文件过程中，因为不同的文件由不同的部门负责制定，其他部门制定完成草稿后，由审核室把关校定，但是技术部门制定的文件我们在校定时发现过程不符合9001，指出后，技术部门就是不修改，他们说他们是对的，就是不改，现在闹到老总那里，还不知道结果如何。郁闷死了。大家说怎么办？大家的公司制定9001文件时谁的意见起主导作用？