外部认证时体系文件未更新存在不同版本怎么办？

本人入公司两个月，主管ISO工作(可就我一个人做呀!管理者代表是有，但相关工作还是我做)，公司通过CEC中国环境标志产品认证三年、TUV ISO9001和ISO14001近三年了，8月初做CEC三年复评换证、9月份做TUV三年复评换证，但我还兼职知识产权、法务、公司资讯、文件发行(DCC)等工作，我根本没有多少时间来做ISO的工作，谁能给我些指点：
我们公司的体系文件有2003、04、05、06、07、08等不同年份的(这点还不是什么大问题)，但虽然拼成一套文件，可这里面有经历了几代人的版本，如果做修改，我又要主办修改、还要文件发行，根本来不及；不修改又存在文件规定与操作不符的现象，我该怎么办好？

请高手指点，先谢了!