关于来料不合格率的争议（求教）

我们公司对入厂检验不合格率比较关注，通用的计算方法是：不合格数量/总数量*100%
我们公司生产大型设备，小品量生产模式，年产不足百台，大多数物料来料数量相对比较少，基本都在百件以内，唯一一种零件数量比较大，一般每次1万件左右。
产生的争议就发生在这种物料上，其采用抽检模式，当不合格数量超出接收量限后即该批不合格，每每出现不合格批，入厂检验不合格率将大幅提升，因此相关部门对此就比较苦恼，吵着闹着要求不要将这种物料计算在内。我作为质控主管始终没有同意，理由很简单：单件来料的物料的一个不良问题会对产品造成一次不合格，大批量来料的物料中的一件物料的一个不良问题同样也会对产品造成一次不合格而不是“1/批量”次。
请问各位：我的这个理由是否合理而且充分？对于这类问题，各位的公司是如何处置的？是否采取措施回避？
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