不知道该如何?

希望大家能给我些意见,我现在很迷茫啊,先介绍下吧:
我是ISO专员,公司组织构架是这样的,最上层是老板,下来有两副总,各副总都负责自己的产品,也就是内部都有采购员,生产管理员,品管管理员,生管,仓管.而管理部或技术部是由部门经理管,部门经理直属老板管,一个副总是公司管代,另一个副总是我的直属上司,管代副总管理的产品是不打算把ISO9001做细,他们觉得有个证就行了,而这个不是管代的副总要求我做细了,把细节跟流程都重新整理了(因为原来的体系文件是不详细说的工作流程,很多都是含糊按标准要求做些要求,只做到些表面的东西).这是一个公司,虽然副总管理的人员都可以重新整理出流程,但跟另一副总或其它部门有联系的都不愿做,老板也是跟副总说"你想怎么做就怎么做,他们爱做不做是他们的事".(说句题外话,我这个职务也就认证时请了个人,通过后过不久人走了就再没招过,这次招我进来也是这个副总的意思)所以只要不是这个副总管理下人员负责的工作,大家都不会按要求去做,他们觉得我做了六七来年也没问题,才不管其它的"所以我在定这些流程的时候,有些工作也是有些难以连系,虽然副总也在做这个沟通,但有些人不是他管的,他也是跟我说他会尽力,但他希望把他管理的范围内做好就行,可对于我们做体系的来说,如果只是做这个部门,那做好5S跟这也差别不大了,何必开展做体系呢?就好比公司的目标,定的都是比较无关紧要的,重要的几个一次交验合格率也是客户要求做的,可是计算方法根本就不能体现出什么,这样也没有达到控制质量的目的.还有年目标也没有具体分解,就每月的计算,如果没达到也没要求采取纠正措施,我现在很迷茫啊,这个工作是否要继续下去?如果继续,我应该从哪开始呢?