过程审核和体系审核

过程审核和体系审核是否可以同时进行
我刚做过一次审核，一方面根据检查表进行过程审核评分
一方面又同时进行体系审核
最后的总结搞的有点乱！
让大家也摸不到头脑！我自己也是！
对于开出来的问题，各部门反问我，我们是依据什么开出的问题项？
对于有些问题在体系当中没有什么问题，而实际的过程是无效的！
面对这样的问题，我开出的问题项，理由只是实际事实，然而大家的反映还是要找出不符合的出处，面对这样明明是问题的东西，我真的晕了！难道这还要找依据！搞不懂！
同样过程审核的分数也受到质疑！
过程审核的分数不就是依据实际怎样而做出的主观判断吗？
希望大家能够根据我以上所述，指出我做的不足和错误之处！
谢谢！