内审后碰到这样的问题，该怎么处理？

公司从昨天开始进行了为期两天的内部审核，也是我进公司后组织的第一次内审。在审核管理者代表时，提了一些问题，个人认为需要进行改进，但管理者代表提出了意见，说：“我知道体系中存在很多问题，但我希望你从小范围开始，一步步整改，不要这一次内审中把所有问题都暴露出来。”，最后我们一共提了16个不符合项（有些问题仅以建议项的形式提出），而计划要开的末次会议，也因为领导有事而暂时取消了。虽然所有领导一直都在说要重视体系，发挥该有的作用，但请问各位大侠，这种情况下，我该如何着手进行整改的工作？