怎样才能做好体系工作

来公司已有一年的时间了，公司的体系已建立，但总感觉到体系在实际运行中不太重视，特别是在各车间里，他们平时很忙，根本顾不上什么体系，所以，就形成了两张皮的现象。公司老总找了我好多次，他要求把体系工作落到实处，平时多检查督促，不执行的部门要采取措施，我也这样去做了，但将效果不佳，检查时发现一些部门并没有按照体系要求去做，本想对他们处罚，但由于公司有些特殊性（老板的亲戚或朋友），想到这些我又不好采取实际行动，真的很为难呀！针对这种情况，请各位发表一下意见或看法，不知怎么样才能真正做好休系工作，谢了！