体系文件可以一个编号两个版本同时存在吗？

  最近公司接受了质量体系审核，有个问题我一直没弄懂，想请教各位大侠：我们公司是一家加工型企业，以前只有一种加工方法，编制了《生产作业指导书》编号为：****/WJ/ZY-02-SC,版本号为：A/2版；因为今年研发了新的工艺，今年上半年老工艺和新工艺同时运行，目前老工艺已经淘汰了。但审核时，又想以老工艺为主。领导决定新编制一本新工艺的《生产作业指导书》，编号同样为：****/WJ/ZY-02-SC,版本号升级为：A/3版，实施日期写为年初。两本作业指导书同时使用。这样的话，等于是老工艺的《生产作业指导书》和新工艺的《生产作业指导书》名称一样，文件编号一样，内容不同，版本号不同。体系审核时，审核老师也看到了这个问题，也表示赞同，我很不理解，文件不是应该有唯一的编号和版本吗？请各位大侠指导，谢谢！