16949体系维护中的疑惑，求指点！

本人汽车行业质量部工作六年，三年文控，两年半体系，后续想继续从事体系工作，对16949标准和五大工具有一定了解，平时按部就班做一些工作，外审客户审核，不符合项整改，但是并没有改变公司体系运行差的问题，公司体系建立就存在很多问题，前期因为领导不同意改善，我就是一个小喽喽，所以就只能听领导的，也得不到同事和领导的认可，我还是有很多疑惑，所以，如何保证体系运行是有效的，以及发现问题如何推动进行有效整改，需要朝什么方向努力，请各位大神指点！
还有一个问题如何使用vda6.3开展审核。