二方审核开出不符合项目，说XX事情没有按照体系文件进行，要整改，可否把体系文件改了

前段时间，有客户来公司二方审核，查到采购部，偏偏他错拿了个质量环境安全三合一的质量手册，审核的老师貌似也无异议，就照着质量手册和程序文件查，这下好了，查到供应商的评估什么的，程序文件写的是每年进行一次审核，但是现实情况是，十多家客户，基本都是生产电子零配件的，大部分似乎还没有过9001认证，没法审核，所以也没有提供相应的审核计划、记录，而现行使用9001:2008单独的质量手册和程序文件则是另有规定，在需要的时候进行现场评估，但是审核的老师，她就对此开了个不符合。
整改的时候，我不知道能不能和她解释说，你看的程序文件的版本不对，要是这么说，貌似又要开另外一个不符合，我想，如果看的是当下有效版本的体系文件，编写的时候没有根据企业的现状，被审核的老师查到文件与现状不符，可否将文件修改。算作整改措施啊。