面对强势的物流部，我该怎么办？

我现在所在的公司是私营企业，物流部主管是老板很亲的亲戚，在公司物流部最强势，连副总都拿她没办法，能躲就躲。我所在的部门是质保部，以前和物流部还能和平相处，去年下半年由于我提出了搞现场5S管理，老板很重视，他觉得5S工作势在必行（因为客户每次来都反映我司现场管理差），要求强势推进，且规定每月进行5S检查，发现问题就要处理部门主管。每次检查各个部门总会发现问题，因为我司基础管理还是处理比较弱的情况下。
我觉得，我对物流部已经很谦让了，每次发现问题，书面记录不多，最多一两个，多数是发现问题私底下让物流部整改，不上报。而且5S检查小组不止我一个，还有副总、我司体系审核员，但是其他两个和物流部没有直接工作接触，而我质保部却是每天都要和物流部工作联系的，如每天的成品入库等等。
因为5S检查问题，物流部开始处处为难我质保部，物流主管还当着我部检验员的面说，谁让我提出5S这个馊主意，还每月查他们问题，今后你们质保部要么不让她发现问题，否则发现问题就难我们。而且物流部还当着副总说，今后进入成品仓库就是100%的合格品，如果万一有不合格，不允许返工，要返工，将所有可以品搬回质保部检。物流部发货的产品都是你们质保部检查合格的产品，如果万一有客户退货，质保部自己去退换货，物流部只按订单发货，有合格品发货物流部不接受，拒绝接受。。。。
为此，质保部检验员工作也很为难，谁能保证100%的合格呀。。。。。。。。
面对这样的强势部门，我该怎么办？？？？