审核发现的先进先出问题

近期小弟公司审核，审核员发现工序间的先进先出控制不好，具体如下：
我公司批量号在第一道工序以日期+流水号定义，如
201004060001 2500件
201004060002 2500件
201004060003 2500件
201004060004 2500件
第二道工序为两台并行线加工，同时加工001、002批量。因为生产节拍的不同，第一条线001批量加工完毕转入下道工序，002未加工完一半，第一条线003批量加工转入下道工序，002批量加工完毕。结果在第三道工序物流摆放顺序变为001、003、002、004批量，审核老师认为未按照批量号的先进先出执行，最终导致002批量晚于003批量发货。
不知各位有什么好的意见？谢谢！！