过程审核问题

各位大侠，请教一个过程审核的问题。
我之前做过程审核一直是整个生产过程一次性审核完成，但是因为过程比较复杂，所以每次审核下来各过程都有问题，结果是问题一大堆，没重点，然后审完了各部门就只是觉得完成了一个任务，对于整改就容易随便糊弄了事，我进行整改验证的时候因为工作量大，比较分散，所以很难兼顾，最后的结果就是审核意义不大。
所以我想今年将过程分开审，我公司生产上为了便于管理本身分成了前段和后段，我就想分成前后段来审。但是我现在的问题的是，因为整条线生产多个产品，我想审前段和后段时，选择的产品不同，一个是新量产的，顺便审核“产品诞生过程”部分，一个是老产品，只审VDA6.3B部分“批量生产”。
请教各位，这样是否可行。在做审核报告时，是分别评分，还是可以结合两次评分进行总评分。