文件编写的困绕

现在公司正在做16949文件修订工作，我最头疼的是各部门都有自己的文件，但是有的是针对相关部门的，有的只是针对本部门内部的，这些文件可以是同一个编号吗？
我现在有一个办法，请大家帮我看一下，行得通吗？
我把针对相关部门的文件写成一册，然后把部门的岗位描述及部门内部的文件分部门制定。这样与相关部门有关的文件统一发放，而单独只做本部门的文件，只针对部门发放。
可是下一步，对于这个文件的编号，我就为难了，总不能用同一种编号编吧？比如：《5S管理办法》这是办公室下发的针对整个公司的文件，我写 SEGW-BG-001，但是针对办公室有一个《办公室管理制度》这是办公室内部的文件，我怎么进行编号呢？可以按上面的往下顺吗？我写成SEGW-BG-002，这样可以吗？