百分表的精度是0.01mm，但在做MSA时百分表读数可可以估读到0.001mm吗？

不可以。
做MSA的时候，原则上可能表针处于两个最小分辨率格子之间的时候，只能适当的四舍五入估计读取到最小分辨率精度上。
超分辨率精度估读，一般是熟练工在长期使用自己专用量具的时候，可以尝试实施的；而做MSA分析的时候，原则上是通行的测量规则和人群，需要尽量排除‘特别好和特别差’的极端特例的。