B公司是A公司的分公司，二者地址不同，经营范围相同。A 公司实际分开两个地址，一个地址是销售/市场/人事/行政/采购（这部分在营业执照地址范围内）， 另一个地址是研发(这部分不在营业执照地址范围内) ，B公司又是另外一个地址负责生产，有物控，仓库，生产，品质。如果申请9001认证，按地址是不包括研发的，按经营范围又包括研发。 申请认证时该如何处理？需更改营业执照吗？

简单，去问你们确定的认证机构。