单位认证名称与工商注册名称不一致，该如何处理？

单位在10年通过了9001体系认证，认证名称与工商注册名称一致。11年按照上级单位的要求，整体转机构认证，也通过了，但是认证证书的名称和工商注册的名称不一致。现在的做法是将体系文件中的单位名称改为和证书的一致，又发现涉及到对外签合同的公章和合同章与证书的不一致。该如何处理？另外想请问大家，体系文件中，突发事件应急预案是否要放到体系文件中？在整理文件时发现这个预案与体系的关系不大，能不能去掉？