单位在10年通过了9001体系认证，认证名称与工商注册名称一致。11年按照上级单位的要求，整体转机构认证，也通过了，但是认证证书的名称和工商注册的名称不一致。现在的做法是将体系文件中的单位名称改为和证书的一致，又发现涉及到对外签合同的公章和合同章与证书的不一致。该如何处理？另外想请问大家，体系文件中，突发事件应急预案是否要放到体系文件中？在整理文件时发现这个预案与体系的关系不大，能不能去掉？

楼主，按你所说，在2011年转换机构认证的时候证书与公司注册名称不一样，应该要求认证机构改正证书就可以了，是他们错误应该是他们改，而不是你们把注册营业执照类的名称去改啊！而且认证机构也必须是要以注册情况为准颁发证书的，不能颁发的证书与注册名称不一致的！这样的问题也值得探讨吗？
至于突发事件应急预案，则要看是否与质量体系相关，有关当然就要纳入，不相关当然就可以不纳入，还不是随你们自己的便。