通用件存档问题

我们公司的通用件存档存在以下问题：
如果当时零件1存在于机种A中，但当时并不知道后续是否有别的工程师借用零件1，所以DCC存档时就按项目文件存档方式放置于机种A中，然后另一个工程师设计了机种B并借用了零件1，在B量产阶段，零件1需要升级到2，所以，这时候DCC处需要找到原来的那个A机种项目文件夹再替换掉1变成2，存在的问题有两个：
1.这种存档方式合理吗，总觉得检索替换起来比较难找到原文件
2.由于我公司的料号编制规则是按机种编制的，而设计工程师有N个，这样，在工程师借用件时往往在把1升级到2的过程中，就按照 B的料号编制规则编制了，实际上2是1的升级版本，应作废掉1，只存2，那如果这样的话，2和1就会同时存在了，文件的版本控制失效，
想听听大家公司的做法和好的建议，跪谢！