如何整合4家分厂的体系？

目前具备条件：
1.集团认证。
2.总部包含：采购部、行政人事部、质管部、计划部、财务部、营销部、投资发展部、技术研发部。
3.各家分厂分别建立有相应的采购科、人事科、质控科、财务科、技术科、物控科。
4.各工厂已经各自建立了自己的TS16949体系并已通过认证。
5.公司的组织架构已经明确了。
5.各工厂是独立法人。
6.各工厂的生产计划都是有总部下达的，财务也是由总部控制的，包括人事，营销、采购计划等。
7.全部生产一样的产品，只是型号略有不同，使用模具会在各工厂之间调来调去。

目前问题：
1.因为各工厂独立认证了，造成总部重复认证。每年重复审核。
2.不利于管理，各工厂都有自己的一套管理。
3.各工厂体系文件不太相同，工厂的组织架构有区别。

现在要整合，我有以下问题没有好的办法处理：
1.质量手册，二级程序文件有各工厂共用部分，这个好处理。但是还有一些不一样的，我怎么引出三级文件？
2.如果我要建立运行手册用于各工厂的指导可不可行？我没有编制过运行手册，怎么编写较好？谁有这方面的案例、范文可以给我参考一下？
3.以前各工厂发过很多自己的管理规定，作业指导书之类的文件，我该怎么处理这些文件？
4.文件整合之后，以后的发放回收比较不好处理，可以发电子版本吗？

目前就这些问题，朋友们还可以给我指出操作中应该注意的一些问题，非常感谢大家。